市徽被禁止使用的原因主要是为了维护国家的统一和防止地方主义。根据《中华人民共和国国旗法》和《中华人民共和国国徽法》，国旗和国徽是国家主权的象征和标志，代表着国家主权的统一和不可分割。自行制作和使用市徽、市旗不符合国情，被认为是不妥当的。因此，国务院办公厅于1997年11月18日发布了《关于禁止自行制作和使用地方旗、徽的通知》，要求各级地方政府禁止自行制作和使用地方旗及地方徽。这一措施是为了确保全国范围内对国旗和国徽的统一尊重，避免出现地方性的旗帜和徽章可能带来的混乱和分歧。
需要注意的是，虽然市徽被禁止，但香港和澳门两个特别行政区作为例外，保留了各自的旗徽（特区区徽）。