企业扣工资的理由主要包括以下几种情况：
代扣代缴费用：
企业可以代扣代缴个人所得税、社会保险费用及公积金等。
法院判决：
根据法院的判决或裁定，企业可以代扣抚养费、赡养费等。
职工未完成生产任务：
如果职工因个人主观原因没有完成生产任务，企业可以扣减工资，但扣减后的工资不能低于本市最低工资标准。
职工违反劳动纪律：
如果职工违反劳动纪律并造成单位损失，企业可以扣减工资，每月扣减比例不得超过职工月工资的20%。
职工请事假：
职工请事假时，企业可以按照缺勤一天扣一天的工资计算。
职工请病假：
职工请病假时，企业可以按照病假工资发放，并可以扣减其绩效或生产性奖励等。
劳动合同规定：
依法签订的劳动合同中有明确规定的扣减工资事项。
企业规章制度：
用人单位依法制定并经职代会批准的厂规、厂纪中有明确规定的扣减工资事项。
经济效益下浮：
企业工资总额与经济效益相联系，经济效益下浮时，工资必须下浮。如果用人单位的规章制度或劳动合同中有相关规定，且这些规定经过民主程序制定、公示或告知劳动者，那么迟到扣工资是合法的。然而，扣工资的数额必须合理，不能超过当月工资的20%，且扣除后的工资不能低于当地月最低工资标准。
员工给单位造成损失：
员工因个人工作失误给公司造成损失，公司可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
其他法定情形：
如员工旷工、迟到早退等严重违反劳动纪律的行为，或者员工在职期间触犯刑法被依法追究刑事责任等。
企业扣工资必须有正当理由，并且必须遵守相关法律法规的规定，否则可能构成克扣工资的违法行为。