12309处理案件的方式如下：
案件处理范围
处理与企业之间的法律问题，如合同纠纷、劳动争议等。
反映国家工作人员职务犯罪和人民检察院工作人员违法违纪行为。
提供监察服务，包括国家赔偿信访、法律咨询以及案件信息的公开。
举报与投诉
拨打12309投诉警察在执法中的违法行为，也可以拨打12389警察专用督察电话投诉。
人民检察院接到报案、控告、举报或者发现侦查人员以非法方法收集证据的，应当进行调查核实，对于确有以非法方法收集证据情形的，应当提出纠正意见；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
案件处理流程
登记：接通电话后，工作人员会询问实际情况并获取举报人的信息，之后会有一个处理结果，可以在12309官网上查询。
取证：按照领导指示，安排调查人员进行调查取证。
汇报：在规定期限内完成调查取证工作，并向领导汇报。
会议审议：纪委召开会议，审议案件并做出最终定性，如果属实，违反相关纪律的依规定予以党纪处理，如果有犯罪行为，移送检察院。
结案：将调查结果通告实名举报人，听取举报人对此事的处理意见，最后结案。
法律咨询与案件信息查询
12309提供法律咨询和案件程序性信息查询，方便群众了解案件进展和掌握案件信息。
监督与建议
12309接受群众对检察工作和队伍建设的建议和意见，并通过各种渠道加强监督。
通过以上流程，12309为群众提供了一个便捷、高效的法律服务和监督平台，确保案件得到及时、公正的处理。