办理日本签证的费用如下：
一般赴日签证
单次入境签证费用约为2000日元（约合人民币125元）。
多次入境签证费用约为4000日元（约合人民币250元）。
过境签证费用约为5000日元（约合人民币312.5元）。
旅行社代办费用
委托旅行社代办的费用通常会略高于亲自办理，但可以节省时间和精力。具体费用因旅行社而异，一般代办费用在500-700元之间。
其他费用
签证申请费为每人600元左右。
保险费根据不同保额和天数来收费。
邮寄签证的费用通常为3000日元（约合人民币180元）。
建议：
亲自办理：如果时间充裕且希望了解详细费用，可以选择亲自到日本驻华大使馆或领事馆办理。
委托代办：如果时间紧张或希望节省精力，可以选择委托旅行社代办，但需注意选择正规可靠的旅行社，并详细询问代办费用及包含的服务内容。