注册公司应当在 工商行政管理机关或市场监督管理局进行办理。具体来说，设立公司应当依法向公司登记机关申请设立登记，公司登记机关是工商行政管理机关，下级公司登记机关在上级公司登记机关的领导下开展公司登记工作。同时，根据《中华人民共和国市场主体登记管理条例实施细则》，县级以上地方市场监督管理部门主管本辖区市场主体登记管理工作，县级市场监督管理部门的派出机构也可以依法承担个体工商户等市场主体的登记管理职责。
注册公司的流程一般包括：
1. 核名：到工商局领取“企业（字号）名称预先核准申请表”，填写公司名称，由工商局检索是否有重名，如果没有重名，核发“企业（字号）名称预先核准通知书”。
2. 租房：选择合适的办公地址，如果是自有厂房或办公室也可以。
3. 编写公司章程：可以从工商局网站下载样本，修改后由所有股东签名。
4. 到工商局现场办理营业执照，提交公司设立申请书、公司章程、董事法人监事任免书、总经理任免书、全体股东法人身份证原件、名称预先核准通知书等材料。
5. 凭营业执照法人身份证到专业刻章店刻印公章、财务章等。
6. 到银行开立公司基本账户。
7. 公司会计整理资料到国地税务分局办理公司备案及报税事宜。
建议在注册公司前咨询专业的法律顾问或代理机构，以确保顺利完成所有步骤。