石子属于国务院地质矿产主管部门进行管理。根据《中华人民共和国矿产资源法》，矿产资源属于国家所有，由国务院行使国家对矿产资源的所有权。地表或者地下的矿产资源的国家所有权，不因其所依附的土地的所有权或者使用权的不同而改变。国务院地质矿产主管部门主管全国矿产资源勘查、开采的监督管理工作。
此外，根据不同的用途和开采规模，石子的管理可能还涉及其他相关部门，如国土资源局、安全生产部门、环境保护部、林业局等。例如，如果石子用于建筑项目，可能还需得到建设部门或地方政府的批准。
需要注意的是，非法开采石子是违法的，任何单位和个人未领取采矿许可证擅自采矿的行为，会受到相关法律的处罚。