纳税申报需要补税的原因主要有以下几点：
重复扣除
基本减除费用重复扣除：如果纳税人在多个单位工作，每个月税前扣除5000元的基本减除费用，就可能导致最后应纳税额高于已预缴税额。例如，如果一个人同时在两家公司工作，每家公司都扣除了5000元，那么一年下来就重复扣除了12次，需要在年度汇算清缴时剔除多扣的部分。
多用了奖金单独计税政策
年终奖单独计税：如果纳税人有多笔年终奖，但均选择单独计税，而年度汇算时只允许一笔年终奖单独计税，那么很可能需要补税。
收入增加
收入类型复杂多样：纳税人的收入可能包括工资薪金、劳务报酬、稿酬、特许权使用费等多种来源，这些收入的综合所得累计金额可能使得适用税率提高，从而产生补税需求。
扣除减少
享受的税前扣除和税前减免政策减少：如果在纳税年度内享受的税前扣除和税前减免政策减少，可能会导致应纳税额增加，需要补税。
计算错误
预缴税额计算错误：如果在申报个人所得税时计算错误，导致缴纳的税款不足，可能需要补税。
年中更换工作
新单位无法掌握之前单位的收入情况：如果纳税人在年中更换了工作，新单位无法掌握之前单位的收入情况，可能导致预缴税率不足，最终年度汇算时需要补税。
未享受税收优惠
未填写专项扣除：如果纳税人已经填写了专项扣除，但还是需要补税，可能是因为在多个单位以上任职，预交税款时重复扣除了基本减除费用，或者除了工资外，纳税人还有劳务报酬、稿酬、特许权使用费等其他收入。
改革后的预缴法
累计预缴法：我国个人所得税改革后采取累计预缴法进行征税，平时所缴纳的税费为预缴税费，可能存在多缴或者少缴的情况，因此在次年进行年度汇算清缴时，需要汇总年度收入重新计算应纳税额，当应纳税额与预缴纳税额不符时，就需要对预缴的个人所得税进行多退少补。
综上所述，纳税申报需要补税的原因多种多样，主要包括重复扣除、多用了奖金单独计税政策、收入增加、扣除减少、计算错误、年中更换工作、未享受税收优惠以及改革后的预缴法等因素。建议在年度汇算清缴时仔细核对各项收入和扣除，确保准确计算应纳税额，避免不必要的补税。