如果机动车档案丢失，可以按照以下步骤进行补办：
车辆照相
车辆需要在停车场进行照相，费用通常免费。
填写申请表
填写《机动车牌证申请表》，该表格可以在车管咨询台领取。
提供车主身份证明
提供车主的身份证原件，如果是外地户口，则还需要提供北京暂住证。
代办补领所需材料
如果需要代办补领，还需提供代办人的身份证原件、复印件和委托书。
若车辆为单位所有，则需提供组织机构代码证原件和加盖公章的委托书。
其他相关文件
如果是首次申领登记证书，需要到检测场验车、照相，然后拿着档案去十八里店车管总所约档，三个工作日后领取。需要车辆行驶本和车主身份证原件，外地户口需北京暂住证，可以代办。
对于二次补领，需到任意车管分所验车照相，然后到分所领取。需要车主身份证原件，外地户口需北京暂住证，当时可取，不能代办。
购车发票（一手车票）的补办：五年以上车辆车主到场写承诺书即可；五年以内需到4S店找复印件，然后由4S店盖财务章，再到菜户营工商局补盖工商验证章，必须车主本人办理，不能代办。
保险保单的补办：交强险凭车主身份证、行驶本到所属保险公司指定分部办理。也可以过户后凭新行驶本、新车主身份证、登记证书、过户票办理。
提交申请
在办理机动车迁出、共同所有人变更、转让登记或者注销登记后两年内提出申请。
机动车所有人拥有原机动车且使用原号牌号码一年以上。
审核与领取
提交所有材料后，车管部门会进行审核。审核通过后，可以领取补办的相关证件。补办过程可能需要一定的时间，具体时长视车管部门的工作效率和具体情况而定。
建议尽快携带所需材料到车管部门办理补办手续，以免影响车辆的正常使用和相关业务的办理。