当您已经还清借款但借条丢失时，您可以采取以下措施来保护自己的权益：
保留还款证据
通过银行转账、第三方支付平台等方式还款的，请保留转账记录。
如为现金还款，请要求对方出具书面收据，并签名确认。
要求出具收据
如果对方表示借条丢失，您可以要求出借人出具一份收据，注明还款的金额、日期以及双方不存在其他债权债务纠纷。
沟通记录保存
保存与对方关于还款的通信记录，如短信、微信聊天记录、通话录音等。
其他证据
如有可能，获取对方出具的亲笔签名的书面证明，确认债务已还清。
收集其他能证明还款事实的证据，如证人证言、银行取款凭证等。
法律依据
根据《民法典》和《中华人民共和国民事诉讼法》，您有权利要求对方出具还款证明，并在必要时通过法律途径维护自己的权益。
预防措施
尽量在对方在场时销毁借条，或由对方返还给借款人。
如果对方不同意销毁，应固定其他证据证明债权债务关系已经消灭。
确保以上步骤都得到妥善执行后，您应该能够有效证明借款已还清，即便借条丢失也不会影响您的权益保护。如果还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时告知