处理公司车辆违章的步骤如下：
确认违章信息
确认违章行为是否发生在公司车辆上。
准备材料
违章车辆的行驶证原件。
驾驶人本人的身份证原件。
驾驶人本人的驾驶证原件。
前往处理
携带上述材料前往公安机动交通管理部门处理违章。
缴纳罚款
根据处罚决定，在规定时间内到指定银行缴纳罚款。
逾期缴纳罚款可能会被加收罚金。
处理异议
如果对处罚决定有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
记分处理
违章会记录在驾驶证上，一个记分周期（12个月）内累积记分达到12分，可能会被扣留驾驶证，并需参加学习和考试。
请注意，违章罚款通常是不允许报销的，所以驾驶员违章应自行承担后果。