物流遭遇仓库难题的原因是多方面的，主要包括以下几点：
土地资源的稀缺性和高昂成本
土地成为一些部门收益最大化的工具，导致仓储业逐渐萎缩，土地资源供应短缺，特别是在热点城市，物流用地更是稀缺。
物流仓储用地的出让成交价格远不及住宅、商业用地等，使得土地成本高昂，不利于企业经营和物流行业发展。
物料的多样性与复杂性
仓库内物品种类繁多，每种物品的特性、尺寸、重量等各不相同，增加了管理难度。
需要对特殊要求的物品（如低温、恒温、防潮）进行特殊管理，进一步增加了仓储的复杂性。
物流的动态性与不确定性
市场需求的不确定性导致入库、出库量难以精确预测，给库存管理带来挑战。
运输环节的不可控因素（如天气、交通）可能导致货物延误，影响生产计划。
突发事件（如自然灾害、疫情）会对物流造成严重影响，需要企业及时调整应对策略。
信息的不对称与滞后
不同部门、不同系统的数据往往割裂，难以实现信息共享，导致数据不准确、不及时。
人工录入数据容易出错，造成库存数据与实际不符，影响决策。
信息传递的滞后性可能导致决策失误，增加管理成本。
空间的有限性与利用率
仓库面积有限，如何合理利用空间，最大化存储容量是一个难题。
仓库布局不合理，会造成货物堆放混乱，取货困难，影响作业效率。
空间利用率低，由于货物形状、尺寸不一，造成资源浪费。
仓库管理制度不完善
没有制定完善的仓库管理体制，导致仓库计划性不强，无法保证物资畅通入库出库。
物资采购计划管理准确性、预见性不强，导致仓库物品积压，造成资金浪费。
部分员工业务水平不高，对现代库存管理设备操作不当，甚至存在监守自盗事件。
非正常存货储备量挤占正常存货储备量
呆滞料不及时处理，库存周转率低，导致仓库库存数据混乱。
信息闭塞，流通不畅，导致货物积压，占用企业大量资金。
综上所述，物流遭遇仓库难题的原因是多方面的，涉及土地资源、物料管理、物流动态性、信息传递、空间利用、管理制度以及非正常存货储备等多个环节。解决这些问题需要从政策引导、技术创新、管理优化等多方面入手，以提高物流仓储的效率和效益。