工资6400元在扣除个人所得税起征点5000元后，应纳税所得额为1400元。根据2024年最新的个人所得税税率表，1400元属于不超过36000元的部分，税率为3%，速算扣除数为0元。因此，应缴纳的个人所得税为：
\[
\text{应缴纳的个人所得税} = \text{应纳税所得额} \times \text{税率} - \text{速算扣除数} = 1400 \times 3\% - 0 = 42 \text{元}
\]
所以，工资6400元在扣除个人所得税后，实际到手金额为6400元 - 42元 = 6358元。